6. Descenso a Regional

En la temporada 1999-2000, ya no nos libraría nadie y todo ello pese a victorias tan significativas como el 4-1 al Basconia y el 1-4 al Elgoibar. Nuestros jugadores pasaron de ser quintos en la décimo-quinta jornada, a caer en descenso tras otros quince encuentros sin conseguir la victoria.

El 0-1 contra el Arenas, con autogol de Aketza, certificó el descenso antes incluso de acabar una competición oficial que finalizó con un empate a 0 en Sestao ante un River que se jugaba entrar en el play-off de ascenso. Entre esos dos encuentros, dos 6-0 que recibimos del Lemona y el Azpeitia.

Cinco años, o mejor dicho cinco temporadas, necesitaría nuestro club para volver a la Tercera División. Un lustro en el que los santurtziarras siempre anduvieron en la cabeza de la tabla pero sin conseguir el ansiado puesto que permitiese el retorno.

En la temporada 2000-2001, de la mano del santurtziarra Meltxor Sainz el equipo terminaría el campeonato en tercera posición tras dura pugna con el Portu y el Sondika. Los morados tampoco pudieron imponerse en al eliminatoria que se celebró entre los terceros de las tres regionales vascas existentes por la posibilidad que pudiera haber en aquellos momentos de algún otro ascenso sí los 4 equipos vascos de Tercera ascendían a Segunda B. Perdimos los dos minipartidos ante el Zarautz y el Mercedes Benz de Vitoria.