2. Primera vez en Tercera

En su primera trayectoria en la Tercera División el equipo morado consiguió dos meritorios cuartos puestos en las temporadas 1962-1963 y 1963-1964. En la primera de ellas y después de un debut, en la 61-62, en la que el equipo no se libró de la promoción de descenso hasta la última jornada, en la que el Erandio además nos metió un contundente 6-1. Los santurtziarras se quedaron a tan sólo tres puntos de la promoción de ascenso.

La gloria de haber podido llegar a luchar por el ascenso, en la temporada 62-63, vino precedida de un gran final de campeonato con victorias tan rotundas como el 8-1 al Larramendi y el 7-2 al Guarnizo. Barakaldo, Arenas y Amorebieta quedarían finalmente por delante nuestro en la tabla. La temporada, además, había comenzado con un significativo 6-1 al Torrelavega.

De la campaña del 1963-1964, donde también se fue cuarto tras Barakadlo, Torrelavega y Arenas, lo más sobresaliente fue el 4-1 al equipo fabril que más tarde resultaría campeón. La competición, asimismo, comenzó de forma fenomenal con un 0-3 al Galdakao.

En las siguientes temporadas; fue noveno en la 64-65. Cabe destacar la victoria por 3-0 ante el Rayo Cantabría y el 0-1 al Astillero que a la postre sería tercero. En al temporada 65-66, el Santurtzi sería séptimo con victorias tan claras como el 4-0 al Astillero y el 0-3 al san Vicente, y derrotas tan abultadas como el 6-2 ante el Amorebieta y el 0-4 que nos endosó el Arenas.

El décimo puesto ocuparíamos en la temporada 66-67, mientras que en la liga del 67-68, en la que fue décimo-primero, la restructuración de la categoría le llevó al descenso. El Santurtzi se la jugó en el último encuentro fuera de su estadio ante el Rayo Cantabría y el empate a 3 final no les sirvió, siendo los cántabros los que mantuvieron la categoría.

Durante los siguientes 14 años el equipo volvió a militar en Regional, logrando nuevamente el ascenso en la temporada 74-75 al ser campeón de grupo. Un año (75-76) aguantaría en Tercera para volver durante otros seis años más a Regional. Sería en la liga del 81-82 cuando se volvió a materializar el ascenso.